内部文件显示，负责该系统的欧盟机构EU-Lisa已对美国科技企业IBM、法国IT集团源讯（Atos）以及意大利防务承包商莱昂纳多提起诉讼，原因是项目多次延期，联合体对机构发出的警示与罚款也存在异议。
这套全新的出入境系统（EES）要求非欧盟旅客首次进入申根区时采集指纹、拍摄人像照片，用于识别签证逾期滞留人员或通缉人员。包含29个国家的申根自由通行区，成员国以欧盟国家为主。
该系统原定2022年上线，直到今年才全面落地，上线过程中软硬件故障层出不穷：指纹采集设备沾上汗液就容易失灵，欧洲多国机场因此排起数小时长队。部分欧盟国家至今仍在采购配套扫描仪。
EU-Lisa在7月发布的最新年报中证实，已于2025年12月在机构所在地爱沙尼亚提起诉讼。“由于项目联合体交付EES系统多次延期，本机构启动合同与法律救济手段，维护自身资金权益。”
爱沙尼亚哈尔尤县法院（该国最大地方法院）发言人确认已收到这起民事诉讼案件，目前尚未开庭，也未排定庭审日期。
EU-Lisa拒绝就这起尚未审结的案件置评，同时表示诉讼“不影响出入境系统（EES）运行，该系统已在欧洲全境投入使用”。
欧盟委员会强调，本次诉讼针对的是系统开发阶段的交付延期问题，和系统当前运营状态无关。
莱昂纳多、源讯均拒绝对诉讼发表评论，IBM没有回应置评请求。
媒体看到的双方往来信函显示，联合体与EU-Lisa围绕逾期、罚款的矛盾已经持续数年。
在2021年10月的一封函件中，源讯比利时、IBM比利时方面对罚款的处罚依据与金额计算方式同时提出异议，称延期源于新冠疫情等外部因素。
数月后，也就是2022年2月，三家企业再次反对EU-Lisa定下的新交付时间。联合体在信中写道：“无视现实并不明智，无助于推进计划。相反，执行脱离实际的方案只会让所有相关方陷入被动。”同时还批评该欧盟机构的整体治理方式。
2022年3月的一封信件里，IBM代表同意EU-Lisa暂扣部分款项，待损害赔偿事宜敲定后再处理。
EU-Lisa在2022年年报中写道，EES落地合作联合体出现履约难题，机构正在评估延期带来的额外成本，延期还拖累了其他信息化系统。而早在2021年，这份合同总金额就已经从1.42亿欧元上调至2.12亿欧元。
次年，该机构在年报中表示，延期推高了EES项目实施的预算需求，软硬件维护成本随之上涨。年报显示，2023年机构从其他项目调拨资金，将EES年度预算几乎翻倍至4000万欧元。
EU-Lisa称，原合同已于去年到期，由新的企业联合体接手EES运维，但IBM、源讯、莱昂纳多三家直到当年8月之前仍负责该项目。
该项目还曾被曝出网络安全隐患。媒体去年报道，源讯曾借助其莫斯科办公室，为这套敏感的边境系统采购软件。EU-Lisa当时表示没有发现安全入侵事件。
欧盟反欺诈局OLAF掌握“充分线索”，认为有必要进一步调查；该局称，如果俄方参与相关指控属实，将构成违约。媒体看到的一份内部报告显示，OLAF虽认为EU-Lisa最初的评估不够充分，但还是把案件退回由EU-Lisa自行处理。
