转自：生物谷
准确捕获RNA多样性的范围（包括基因表达、异构体和RNA甲基化）有助于阐明疾病的分子机制和RNA碱基修饰的功能作用。例如，RNA碱基修饰（如n6-甲基腺苷 [m6A]）会影响RNA代谢，并在癌症的发生和进展以及神经系统疾病（包括阿尔茨海默病和亨廷顿舞蹈症）中发挥重要作用。
传统的短读长测序技术通常会生成50–100 bp的读长序列，因此很难对转录本异构体进行准确组装和定量，也难以测定poly-A尾长。此外，用于制备这些文库的逆转录和扩增步骤会消除RNA修饰，并可能引入PCR偏倚。
Oxford Nanopore纳米孔测序是唯一可直接读取天然RNA转录本的技术，能够在没有PCR偏倚的情况下对基因和异构体表达进行定量。它还可提供全长异构体的分辨率，并准确估计poly-A尾长。此外，无需额外制备样本，纳米孔RNA直接测序可在单碱基分辨率水平直接检测 DRACH基序的m6A甲基化。
8月30日14:00-16:00，我们邀请到Oxford Nanopore的高级技术专家严舒琪，上海交通大学生命科学技术学院长聘教轨副教授余祥，福建农林大学顾连峰教授，将带您了解直接Oxford Nanopore的直接RNA测序原理以及具体的应用实例。
会议日程
14:00-14:05
欢迎致辞
钱永生 Oxford Nanopore东区销售副总监
14:05-14:40
利用Oxford Nanopore直接RNA测序加速您的研究
严舒琪 Oxford Nanopore高级技术应用专家
14:40-15:15
基于纳米孔RNA直接测序的迁移学习技术鉴定多种类型RNA化学修饰
余祥 上海交通大学生命科学技术学院长聘教轨副教授
15:15-15:50
纳米孔测序在表观遗传学研究中的机遇和挑战
顾连峰 福建农林大学海峡联合研究院教授
15:50-15:55
结束致辞
钱永生 Oxford Nanopore东区销售副总监
报名方式
嘉宾简介与演讲摘要
严舒琪
Oxford Nanopore Technologies高级技术应用专家
个人简介：Rachel在基因组学领域有超过15年的研究和产品开发经验，曾在中美多家国际知名企业任职，目前是Oxford Nanopore Technologies的技术应用科学家。
演讲摘要：直接RNA测序是Oxford Nanopore平台独有的测序技术，能够对原始RNA分子进行直接测序。通过一次直接RNA测序实验，我们可以同时获得转录本的全长序列，基因和转录本的表达水平，polyA尾的长度，以及RNA上携带的修饰信息。
这次讲座的内容主要包括：
直接RNA测序的建库原理和实验方法
直接RNA测序的应用案例
余祥
上海交通大学生命科学技术学院，长聘教轨副教授
个人简介：余祥2014年在中国科学院上海生命科学研究院获博士学位，2014-2021年在美国宾夕法尼亚大学文理学院生物系进行博士后研究，2021年2月入职上海交通大学生命科学技术学院任长聘教轨副教授。长期从事RNA生物学研究，通过分子遗传学和计算生物学方法探索RNA代谢和化学修饰等RNA转录后调控的生物学功能。以第一作者或通讯作者在Nature Communications, Developmental Cell (封面文章)、Genome Research和The Plant Cell （亮点文章）等刊物发表论文20余篇。
演讲摘要：近年的研究发现信使RNA上具有m6A、m5C、Ψ、I和ac4C等多种类型的化学修饰，这些修饰具有重要的生物学功能。然而，目前在同一样品中鉴定mRNA中不同类型的RNA修饰还存在巨大的挑战。在该研究中，我们利用植物cDNA文库体外转录出带有不同修饰碱基的数千种转录本，加polyA尾后通过纳米孔RNA直接测序 (DRS) 创建了体外表观转录组 (IVET)数据集。IVET数据分析表明带有修饰的碱基电信号发生变化、导致比对基因组时错配率显著增加。以5个碱基的电信号及其统计特征作为输入层，我们开发了用于鉴定多种RNA修饰类型的深度学习模型TandemMod。在IVET数据和人类细胞体内DRS数据的测试揭示该模型在检测m6A和m5C的性能上优于国际主流算法。在此基础上，我们将预训练的TandemMod通过迁移学习用于检测Ψ、I和ac4C等修饰，在不影响性能的同时显著减少了训练样本量和训练时间。最后我们通过TandemMod绘制了高盐胁迫下植物的m6A、m5C和Ψ等表观修饰组图谱，并揭示了mRNA中m6A和m5C的共修饰及其在高盐环境下的修饰率变化。本研究所产生的IVET数据将为基于纳米孔测序的算法开发提供基准数据，TandemMod模型将为在单分子水平鉴定动植物及微生物多种类型的RNA修饰位点提供重要的技术支撑。
顾连峰
福建农林大学海峡联合研究院教授
个人简介：顾连峰现为林学中心全职教授，博士生导师。近十年来以表观遗传学为主线，利用高通量纳米孔测序等技术, 并结合分子生物学实验和遗传转化探究林木快速生长和胁迫应答的表观遗传调控机制。共发表六十多篇SCI论文。在林学相关领域有多篇通讯作者SCI论文在Genome Biology、Plant Physiology、Tree Physiology、Plant Journal、Bioinformatics和Journal of Integrative Plant Biology等期刊发表。
演讲摘要：纳米孔测序技术在动植物研究中被广泛应用, 涵盖了从端粒到着丝粒的高效组装、全长转录组测序以及甲基化检测等多个领域。在本报告中, 我们将分享纳米孔测序技术在植物表观遗传学研究中的前期应用案例, 并探讨该技术在全长转录组测序和甲基化组检测中所面临的机遇和挑战。
（转自：生物谷）
