灵隐寺始建于东晋咸和元年（公元326年），至今已有约1700年的历史，为杭州最早的寺庙，也是中国佛教禅宗十大古刹之一。灵隐寺地处杭州西湖以西灵隐山麓，背靠北高峰，面朝飞来峰，两峰挟峙，林木耸秀，深山古寺，云烟万状。
灵隐寺的创建，颇具传奇色彩。相传印度僧人慧理从中原云游入浙，登临灵隐山时，见山中一峰似曾相识，说：“此乃天竺灵鹫山一小峰，不知何代飞来？佛在世日，多为仙灵所隐。”遂在飞来峰下卓锡建寺，连建五刹：灵隐、灵山、灵峰、永福、下天竺（另有一说为：灵鹫、灵隐、灵山、灵峰、灵顺）。除灵隐寺之外，其他四寺或废或更，均已不存。寺院初创之际，佛法不盛，一切禅林规制，仪具雏形、僧不甚众，游客清淡，香火寂寥。所以刘宋智一法师住持时，因寺院法务清淡，有足够的时间来啸聚群猴，自称猿父，与之玩耍竟日。
到了南北朝时，佛界喜得福音，门阀士族竭力提倡佛教，信奉佛法，广建浮屠。当时南齐的竟陵王萧子良与梁武帝萧衍等都大力推崇佛教。梁武帝天监三年（504年），萧衍下诏“舍道归佛”，将佛教奉为国教，随即大兴土木，建寺立塔，一时间，佛刹林立，现“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”之盛况。杭州为南朝属地，自然就出现了不少佛寺。古人云：上有所好，下必从之。皇帝爱佛教，便会到处见到寺院，听到梵呗钟声。当时，在杭州，就建有天真寺、净空寺、东林寺、建国寺、发心寺、孤山寺等，还有许多俗家居士，舍宅建寺，供奉香火。灵隐寺也得到了梁武帝的青睐，赐田扩建，规模粗具，香火渐盛。不过，这样的好时光不长，至北周武帝年间（561年-578年），一度宣布废佛，并下令僧徒还俗，焚烧法器佛典，将寺庙充作公产。尽管这次法难对北方寺院打击很大，南方寺院稍好，但也不能说没有丝毫影响。有些胆小的僧人，风闻法难之声，便悄悄溜走，还俗的还俗，隐居的隐居，致使灵隐寺陷入冷落荒寂之中。
隋文帝仁寿二年（602年），隋文帝不但恢复佛教，还派僧人慧诞法师来杭弘扬佛法。在灵隐寺前飞来峰与莲花峰间栈道建神尼舍利塔（后倾圮）。到了唐代，灵隐寺宇已具相当规模。唐朝茶圣陆羽的《灵隐寺记》载：“晋宋已降，贤能迭居，碑残简文之辞，榜蠹稚川之字。榭亭岿然，袁松多寿，绣角画拱，霞晕于九霄；藻井丹楹，华垂于四照。修廊重复，潜奔潜玉之泉；飞阁岩晓，下映垂珠之树。风铎触钧天之乐，花鬘搜陆海之珍。碧树花枝，舂荣冬茂；翠岚清籁，朝融夕凝。”
当时，灵隐寺的规模宏大，天下高僧云集。唐长庆时（82l年-824年），灵隐寺僧道峰专修“华严宗”，他常在灵隐寺本山和杭州各寺之间讲经说法，信徒甚众。据白居易《华严经社石记》载：唐长庆二年（822年），道峰在龙兴寺开讲《大方广佛华严经》时，听众达数干人之多，盛况空前。
继北周武帝毁佛之后，唐会昌五年（845年），发生了佛教史上再一次大规模的“会昌法难”事件。唐武宗力主排佛废佛并禁佛。灵隐寺噩运难逃，寺毁僧散，钟寂烟灭。其后，稍作恢复，然一时难成气候，仅延香火而已。到了吴越王钱戮时，情况大有改观。相传，钱氏寒微之时，初奉道教，后遇高僧法济，对他说“他日成霸吴越，当须护持佛法”，并劝他：“好自爱，他日贵极，当以佛法为主。”他对法济禅师十分尊重，“见必跪拜，檀施丰厚，异于常数”。法济圆寂时，他亲自撰写赞词并亲执丧礼，追谥为“建初兴国大师”。临终时，钱氏又告诫他的儿子：“吾昔自径山法济示吾霸业，自此发迹，建国立功，故吾常厚顾此山焉！他日汝等无废吾志。”于是，钱氏三代五王始终奉行“信佛顺天”之旨，使得杭州城乡，遍布寺院，寺与寺之间，梵音相闻，僧众云集。据史书记载：“吴越国时，九厢四壁，诸县境内，一王所建，已盈八十八所，含十四州悉数数之，不胜举目矣。”吴越寺庙“倍于九国”，扩建创建的寺院有史可据的就有200余所。在杭州的历史上，吴越时期，吴越王“以有土有民为主，不忍兴兵杀戮”，保境安民，休兵乐业，清明向上的“吴越之治”，使杭州成为东南地区的政治、经济、文化中心，更是佛教文化的中心。吴越时期的摩崖石刻，佛像塑造、佛经雕刻特别丰富，寺宇园林、佛塔经幢随处皆有。学佛习禅之人日渐增多，佛门禅坛的诗词文章层出不穷。灵隐寺再一次佛光重现。从宋初文学家罗处约的《重修灵隐寺碑记》可以看出，那时灵隐寺的建筑精美，环境清幽，内部装饰非常华丽，寺容极为庄严。苏东坡《游灵隐寺》一诗中有“高堂会食罗千夫，撞钟击鼓喧朝晡”之句，可以想见灵隐寺在那时的空前盛况。
明初，崇尚佛法，不久，又以整顿为名，对各寺庙采取种种限制的措施。灵隐寺僧怕“法难”惨剧再一次降临，便主动把宋时朝廷所赐的杭、秀（今嘉兴）两州庙田1.3万亩交还朝廷，以免遭灭顶之灾。灵隐寺僧的这种做法，深得明太祖赏识，所以他把其中的部分田地赐还给灵隐寺。洪武三年，灵隐寺失火，损失较重。洪武十七年（1384年），住持慧明重建了觉皇殿，改寺名为“灵隐禅寺”。因一时资金不足，佛殿内的佛像直到永乐元年（1403年）才增塑完毕，由僧善才募施装修大佛诸天及诸供具。觉皇殿总是多灾多难，至宣德五年（1430年），觉皇殿再次毁于大火。宣德七年（1432年），由住持昙缵建左右翼门和面壁轩，继由住持良阶重建觉皇殿。据说，殿中有丈余长的拜石，刻有花卉鳞甲文，工巧如画，精美异常。但整个殿宇，部分堂室已圮废糜朽，旧观实难重现。
到了明末清初，灵隐寺已现一“苔寮藓壁”的破败惨状。面对满寺零落残败、风雨飘摇的凄凉景象，豁堂禅师自知难以使灵隐寺起死回生，便请在扬州弘法的故交具德和尚来重兴灵隐古刹。
具德和尚法名弘礼，是三峰法藏法师的嫡嗣，天童密云法师的法孙，为临济宗三十二世，不管到哪儿开堂说法，均受到僧众信徒的欢迎。《灵隐寺志》载：“道风广被十座道场，位下法从动以千计。”清顺治六年（1649年）具德和尚花了18年时间，终于使灵隐寺面貌焕然一新。灵隐寺大雄宝殿上梁之日，前来观看的人达十多万！《灵隐寺志》载：“自建造以来未见若斯盛者也！”被具德和尚修复后的灵隐寺规模非常之大，共建成“七殿”、“十二堂”、“四阁”、“三楼”、“三轩”等。
另外，还仿净慈寺建有“五百罗汉殿”，也称“田字殿”，共54间，建于西禅堂下。《湖山便览》卷五记载：“法像小于净慈，而完好过之。”除此以外，尚建有双桂室、香积厨、圃室，浴室、各寮房公所等。同时，寺里寺外，广植树木，称为“玉树林”。梵宫庄严华丽，时誉“东南之冠”。具德和尚经营18年，使得灵隐寺“法席一新，建置甚盛”。《灵隐寺志》称：“虽曰重兴，实同开创。”王益朋在《重修灵隐寺碑记》里盛赞灵隐寺：“钱塘三百六十寺，未有先此者也。”后人评说灵隐寺历史，说“理公为祖，延寿为宗，具德中兴”，可见这三人名望均很高。
据《云林寺志》记载：清康熙二十八年（1689年），康熙帝南巡杭州时，驾幸灵隐寺。当时的住持是谛晖，请康熙皇帝题一块匾额。康熙亲书“云林”二字，灵隐寺遂改名为“云林禅寺”。之后，康熙皇帝在三十八年（1699年）、四十二年（1703年）、四十四年（1705年）又三至灵隐，均有记游诗文留下。
乾隆年间，乾隆帝分别在乾隆十六年（1751年）、二十年（1755年）、二十七年（1762年）三十年（1765年）、四十五年（1780年）、四十九年（1784年）六次驾幸灵隐，刊刻于石，至今仍立在寺前碑亭之中。
民国6年（1917年），又建大悲阁。之后住持是心融法师，毫无建树。民国9年（1920年），慧明做住持，他自己以脱略著称，将全寺事务交由监院却非打理。民国19年（1930年），慧明示寂，却非继任，锐意整顿，重修翠微亭、舂淙亭并天王殿，使寺字旧貌换了新颜。
民国25年（1936年）冬，罗汉堂失火被毁，前代所遗之物，仅存天王殿中的木刻韦驮像。民国26年（1937年）11月，日本侵略军进入杭州，市民逃难到灵隐与天竺。经十字会设难民收容所于灵隐，收容难民五六百人，嘈杂无序，惨不忍睹。当时灵隐寺内的客堂、伽蓝殿、梵香阁及东山门，都因难民夜半失戒于火而被毁。
却非和尚眼见处境艰难，暂去上海避世。寺庙无主，情形更见窘迫，寺僧无以为炊，常露饥饿之色。抗战结束后，却非和尚返回灵隐寺，虽说退居二线，然仍主操寺务，于1948年冬圆寂。
解放之后，由于灵隐寺大殿遭受白蚁蚀蛀，大殿正中部分倒塌，佛像被压毁。1952年夏，由民政厅组成“杭州市灵隐寺大雄宝殿修复委员会”主持修复工作，由政府拨款，经两年多时间，大殿终于竣工。有关大殿佛像的塑造问题，也得到周恩来总理的亲自批示。
上世纪50年代时，破“四旧”活动震撼着宗教界，灵隐寺受到极大的威胁，所幸周总理得到这个消息后，发来“灵隐寺暂加封闭”的电报，才使灵隐寺逃过一劫，得以保存下来。
1975年，因接待国宾需要，经国务院批准，灵隐寺于当年11月开始进行全面整修，共耗资130余万元。寺内佛像，全部贴金，对石塔与经幢等进行保护性整修，并对飞来峰造像进行修补。这项修复工程于1980年结束。虽说寺宇重修，但这段时期，“左”的思想影响仍很严重，寺庙中反映出不少与寺规不相符合的问题，如寺庙只能作一般的浏览景点，不举香火，不准跪拜，严重影响了名刹的形象。此时，大悲法师已经圆寂，继任的是尘空法师，然因寺内大多僧众已被遣散回了原籍，一时间变得寺大僧少，只得设法找回原有的一些僧人，但那些僧人仍心有余悸，顾前瞻后，不安心于寺庙，弄得寺内规制松弛，宗风不振。加上寺内没有经费来源，生计维艰。
1982年，寺庙实行“双轨制”，对外有“十方丛林制”，内部实行民主管理，成立寺庙管理委员会。经费来源方面，通过实行“门票制”（香花券），能自给自足，并能积极参加社会公益与慈善事业。
1987年灵隐寺开始实施《灵隐寺总体规划》（即十年规划），在市佛教协会支持下，在海内外众多佛家弟子的护持与关心下，监院根源、继云、体严率两序大众，全面整修了大雄宝殿，将佛像进行了重新贴金工作。
1998年，木鱼法师出任灵隐寺方丈，他引领一些有才识的僧众骨干，充分发挥佛教的优良传统，按“伽蓝规制”，纵深布局，完善古刹的庄严氛围，重建了藏经楼。清浙江巡抚阮元在灵隐寺建立的“灵隐书藏”实际上是我国最早的公立图书馆，可惜该楼毁于太平天国战火，时隔140余年，
新建的藏书楼规模更大，藏经更加丰富，品位之高，前所未有。与此同时，重建了罗汉堂。
从慧理禅师开山至今，灵隐寺已有1670多年的历史了。在这漫长的岁月中，几度风雨，几度春秋，几经风霜雨雪。寺宇可毁，人心未灭！经过历代僧人的不懈努力，灵隐寺屡毁屡建，生生不息。
