1988年，清华大学科技开发总公司成立，主要以科技成果转化为主，尚未形成清晰的产业方向，当年实现营业额253万元。
1993年，清华大学科技开发总公司更名为“清华紫光（集团）总公司”。公司实现营业额16244万元。涉足的产业有信息电子、精细化工、IT、自动化及电子设备。当年的销售收入中，计算机及外设产品、自动化及工业控制设备、精细化工分别占56％、26.5％、10％的份额。
1999年，清华紫光（集团）总公司以信息电子及环保业务为主发起设立了清华紫光股份有限公司，紫光股份公司11月份在深交所上市。清华紫光集团包括紫光股份公司形成了信息电子、环保、生物制药三大产业板块的格局，经营总收入达到78074万元。
2002年，清华产业进行了大幅度的产业调整，多产业的格局转向专业化的发展，环保等业务全面从紫光股份中分拆出来，环保产业的比重从5％以上下降为不足1％，原紫光（集团）资源和业务调整到清华产业中。到2002年10月份，清华紫光股份公司成为专注于IT与通讯业务的上市公司。紫光股份当年的总营业额接近19亿元。
2002年，清华紫光公司开中国高校企业之先河，引进国际著名的毕马威管理咨询公司，对清华紫光公司进行了大胆的管理改革。在采取了强化目标责任制、加速信息化建设、多元产业分拆经营、行业性资源重组等一系列重大改革举措后，清华紫光公司走向更加求真务实的稳步发展之路。
15年来，清华紫光公司立身清华，技术为本，曾连续12年荣获中关村科技园区“经济二十强”。紫光产品已成为国内较有影响的强势品牌。国内第一个自有品牌的扫描仪“UNISCAN”诞生在这里；紫光OCR文字识别技术世界领先；紫光图档系统列入国家863火炬计划；紫光扫描仪自1998年以来，市场占有率连续4年国内第一。
