前言
今天要分享的是由密西根大学张阳教授团队开发的蛋白质互作结构预测工具DMFold （https://zhanggroup.org/DMFold/），免费的，可以直接在网站内提交蛋白质氨基酸序列，约2-5天出结果，分析结果的链接会发送到提交的邮箱中。
分子生物学相关研究中，蛋白质互作经常会涉及到，通过Co-IP、酵母双杂交、GST-pull down、BiFC、荧光共振能量转移（FRET）、免疫荧光共定位、邻位连接技术（PLA）等方式验证蛋白质之间的相互作用。在此基础上，进一步通过截短突变体探索蛋白质之间的互作结构域，甚至是通过氨基酸点突变为丙氨酸来确定互作的氨基酸位点。在没有前人相关研究报道的情况下，通常需要先分析预测互作蛋白质之间可能的氨基酸结合位点。而在药物设计研究中，这样的相互作用通常称作分子对接，也有多种Dock相关的分析预测网站，很多网站需要繁琐的注册流程、限定单位官方邮箱、需要提交特定的蛋白质结构文件、预测结果无法对应到氨基酸，这些都限制了对蛋白质结构方向属于小白的研究者的使用。
密西根大学张阳教授团队开发的蛋白质互作结构预测工具DMFold，相应研究成果已于2024年1月2日发表于Nature methods(https://www.nature.com/articles/s41592-023-02130-4)。
操作流程
1.打开DMFold (https://zhanggroup.org/DMFold/)的网页，如下：
2.以FASTA格式输入2个互作蛋白质或者多个蛋白质复合物的对应蛋白质氨基酸序列；输入自己的邮箱（一个邮箱，或者一个IP地址，一次只能提交一个任务，前一个任务完成后才可以提交第二个任务）；点击RUN DMFold，如下：
3.提交后马上收到分析任务已完成提交的邮件，给了分析任务的网页链接和编号，一般在2-5天后收到分析任务完成的邮件，即可打开网页链接查看结果，如下：
4.网页中有多种结构相关的分析结果呈现，有需要的可以细看，其中给出了5个分值最高的预测互作模型，下载下来，需要解压成.pdb文件：
5.解压后的蛋白互作模型的.pdb文件，可以用蛋白质数据库PDB中的Mol* 3D Viewer工具（https://www.rcsb.org/3d-view）进行查看，网页打开如下：
6.Import，Open Files，Apply，打开.pdb文件进行查看，可以看到互作蛋白的预测三维结构，进一步放大可以看到预测的互作氨基酸位点，：
在此基础上，设计对应氨基酸位点的点突变过表达载体，进一步验证蛋白质相互作用及功能。
参考资料：
https://zhanggroup.org/DMFold/
https://www.rcsb.org/3d-view
https://www.nature.com/articles/s41592-023-02130-4
https://cloud.tencent.com/developer/article/2376659
https://blog.csdn.net/weixin_4528312/article/details/122660493
